El expresidente Rafael Núñez marca otros de los grandes hitos en la historia política colombiana por los tres hechos puntuales. El primero fue el último costeño que ocupó la primera magistratura de la nación y eso hace 133 años. Segundo, fue el artífice de la caída del régimen federalista de 1863 y del nacimiento de una república centralista y unitaria en 1886. Tercero, el único costeño que ha gobernado tres veces el país: de 1880 a 1882, de 1884 a 1886 y de 1886 a 1888.

Núñez fue uno de los primeros políticos en poner en práctica el transfuguismo en el país. Su caso es uno de los más simbólicos, al igual que el del expresidente Tomás Cipriano de Mosquera. Núñez siendo un líder del partido liberal cambio de bando y se pasó a las toldas conservadoras y en 1878 fue elegido Senador por dicha colectividad y luego presidente del Senado. En aquella legislatura como presidente del Senado, juramentó al presidente Julián Trujillo, y en su discurso dijo: "hemos llegado a un punto en que estamos confrontando este preciso dilema: regeneración administrativa o catástrofe". Discurso que marcó el nacimiento del movimiento político de la Regeneración, cuyo slogan fue "una nación, un pueblo, un Dios".

Un movimiento político heterogéneo conformado por conservadores, liberales y la Iglesia Católica. Alianza que marcó el primer eslabón para acabar con el sistema federal. En otras palabras, luego de la guerra de 1885, Núñez fue el artífice de sepultar la hegemonía del Olimpo Radical.

En su gobierno se promulgó la Constitución de 1886 y se restablecieron las relaciones entre la Iglesia Católica y el Estado, mediante la firma del Concordato de 1887. En consecuencia, los dos aspectos más importantes en el restablecimiento del Concordato fueron: las indemnizaciones a perpetuidad sin disminuciones de intereses que pactaron el gobierno conservador y el clero por las expropiaciones de sus bienes durante el régimen federalista y la entrega del control del monopolio de la educación a la Iglesia Católica en el país.

En opinión de la historiadora, Margot Andrade Álvarez, con “el Concordato se le otorga a la Iglesia Católica el control absoluto de la educación” y con facultades para suspender y denunciar a los maestros que no respetarán la doctrina católica en los métodos de enseñanza”.

Núñez con el Concordato no solo “concede a la Iglesia Católica prerrogativas, civiles, jurídicas y financieras por todo el país”, sino que le entrega al clero el monopolio educativo de la nación y este convierte a la educación y el púlpito en dos de los instrumentos de adoctrinamiento político más poderosos para el dominio del poder por parte del partido conservador a nivel nacional.

Esta alianza político-religiosa le permitió a Núñez durante 14 años tener un dominio político absoluto de la política nacional, dado que con la nueva Constitución se definieron y se diseñaran las nuevas instituciones del Estado.

Por consiguiente, con los privilegios que le otorgó al clero sentó las bases para que los conservadores, la Iglesia Católica y los sectores políticos liberales católicos opuestos a las doctrinas de la masonería gobernarán de 1880 hasta 1930.

Uno de los aspectos que poco se analiza cuando se habla de los enfrentamientos entre el liberalismo y el clero desde la segunda mitad del siglo XIX fue el papel de la masonería detrás de las ideas y las reformas estructurales planteadas por el Partido Liberal.

Los conflictos vuelven a florecer con fortaleza entre el clero y los liberales masones cuando los segundos vuelven al poder de durante la República Liberal de 1930 a 1946. En la reforma Constitucional de 1936, el liberalismo buscó imponer de nuevo un modelo Estado laico, basado en la propuesta de educación laica, la libertad de cultos, el matrimonio civil y el divorcio, entre otras reformas que tenían como objetivo limitar el poder político de la curia.

Además, consagraba que no había exenciones de impuestos para templos y seminarios... Por estas razones y otras de carácter político, el clero en pleno se opuso a las reformas de la Revolución en Marcha del gobierno de Alfonso López Pumarejo.

Finalmente, el clero en alianzas con el partido conservador, especialmente con las fuerzas políticas de la ultraderecha de Laureano Gómez y los sectores feudalistas de los terratenientes y ganaderos no solo hundieron aquellas reformas, sino que sepultaron la reforma agraria que buscaba acabar con la concentración de la propiedad de la tierra en pocas manos, ejecutar una mejor distribución de la misma, modernizar el agro y el aparato productivo colombiano.

Los mismos sectores ligados a la ultraderecha derecha y al clero se opusieron a la reforma agraria en el gobierno de Carlos Lleras Restrepo y la sepultaron en el pacto de Chicoral en el gobierno de Misael Pastrana Borrero. Los mismos sectores retardatarios liderado por el ex presidente Álvaro Uribe, un sector del clero de ultraderecha, los conservadores, las Iglesias evangélicas y los sectores de los terratenientes y ganaderos ahora se ponen a la libertad de cátedra y a la reforma agraria planteada en los acuerdos de paz